Ordo Fratrum Minorum

För Franciskus en andlig vändpunkt blev en upplevelse i kapellet San Damiano utanför Assisi 1206. Thomas av Celano återberättar att Jesus Kristus uppmanade Franciskus att återuppbygga hans Kyrka som var alldeles förstört. Påverkad av sin tolkning om evangeliets apostoliska fattigdom, Franciskus lämnade tillbaka allt han fått av sin far, avsade sig sitt arv och andra medfödda förmåner, och begav sig hemifrån, iklädd endast en sliten, gråbrun kåpa. Därefter levde Franciskus bland de spetälskesjuka och ägnade sig åt att reparera kyrkobyggnader, åt tiggeri och åt att ge så mycket han kunde åt de nödlidande; själv levde han i största försakelse.
Människor började sluta upp bredvid Franciskus, och de kallade sig ”de små bröderna”, frates minores. Den förste som lämnade det världsliga livet för hans skull, var Bernardo da Quintavalle, en förmögen man från Assisi som 1208 bjöd hem honom och sedan sålde allt han ägde och blev munk. De följdes samma år av kaniken Pietro Cattani och en man vid namn Egidio. Bröderna predikade bot för människor och befann sig på resande fot för att kunna nå fram till så många som möjligt. För att hålla samman brödraskapet, möttes de regelbundet, varje år i Portiuncula. Bröderna utmärkte sig genom att de gick barfota och var klädda i grått, varför de kallades ”gråbröder”. Dessa bröder blev de första tiggarmunkarna. Deras liv gick ut på att vårda sjuka, predika fredsevangeliet, och åt att be till Gud.
År 1209 nedtecknade Franciskus formellt reglerna till franciskansorden, Regula bullata, och fick Innocentius III:s godkännande samma år sedan bröderna rest för att besöka denne i Rom. Franciskus blev diakon därför att han sade att har är inte värdig att vara en präst. Bröderna tilldrog sig stora skaror åhörare till sina predikningar, och av den anledningen överlät benediktinorden deras kapell i Porciuncula, där Franciskus ofta dragit sig tillbaka, till den nya munkorden. Några år efter resan till påven i Rom, träffade Franciskus riddardottern Klara av Assisi som tog starkt intryck av honom och omvändes till hans kristna ideal. Hon bildade den första kvinnliga grenen av franciskanorden, klarissorna.
Franciskus närvarade vid Fjärde Laterankonciliet där han träffade S:t Dominic. Vid konciliet förbjöds nya ordensregler. Eftersom domincanorden och franciskanorden redan fått godkännande – franciskanorden endast muntligt – kunde de trots detta beslut fortsätta föra sina ordensliv med kyrkans godkännande.
